Arduino Due kartı Arduino IDE ile programlanır. SAM3X'e kod yüklemek, AVR tabanlı diğer arduino kartlarına kod yüklemekten biraz farklıdır. Çünkü Due kartı yeniden programlamadan önce flash bellek içerisindeki kod silinmelidir. Her iki usb portuda karta kod yüklemek için kullanılabilir. Ancak Programming Port'un kullanılması önerilir. Çünkü bu port kod yükleme yapılmadan önce otomatik olarak flash belleği temizler.